La pandémie de Covid-19 a contraint de nombreux États membres du Conseil de l'Europe à prendre des mesures qui restreignent les droits humains et les libertés fondamentales, comme les restrictions imposées à la liberté de circulation, les restrictions générales imposées aux réunions et aux rassemblements, les mesures de surveillance électronique, l’accès limité aux informations sur la gestion de la pandémie par le gouvernement et les peines infligées pour avoir exprimé des critiques à ce sujet. Certaines de ces mesures ont eu un impact très préjudiciable au fonctionnement de la société civile: refus ou retard d'enregistrement de nouvelles ONG, accès limité au financement ou limitation des réunions des organes de décision. Les gouvernements n’ont pas davantage consulté les ONG sur ces mesures ou sur leur stratégie de protection de la santé publique.
Bien que la santé publique puisse, conformément à la Convention européenne des droits de l'homme, constituer un but légitime qui justifie l’imposition de restrictions aux droits au respect de la vie privée, à la liberté d’expression, à la liberté de réunion et d’association et à la liberté de circulation, toute restriction aux droits susmentionnés doit être prévue par la loi, «nécessaire dans une société démocratique» et proportionnée au but légitime poursuivi.
Comme le souligne la Résolution 2362 (2021) de l'Assemblée parlementaire, la pandémie de covid-19 ne doit pas servir à justifier l’imposition de restrictions inutiles et disproportionnées aux activités des ONG et les États devraient s’abstenir de promulguer de nouvelles lois à cette fin. L’Assemblée pourrait par conséquent réaliser une étude pour mesurer l’impact que les mesures prises à l’occasion de la covid-19 ont eu sur les libertés de la société civile et pour déterminer si ces mesures étaient suffisamment fondées du point de vue juridique et justifiées. Elle pourrait également établir une liste de bonnes et de mauvaises pratiques et rédiger une série de recommandations pour orienter les États vers le meilleur moyen de gérer l’indispensable préservation de la santé et des libertés de la société civile en cas de pandémie ou d’autre menace pour la santé publique.