La plupart des rapports examinés par l'Assemblée en session plénière ou par la Commission permanente sont préparés par une commission.
Ces neuf commissions générales de l'Assemblée ont pour la plupart des sous-commissions sur des thèmes spécifiques, et peuvent créer des commissions ad hoc pour des activités particulières. Toutes les commissions se réunissent pendant les parties de session, et pratiquement toutes tiennent au moins une réunion entre les parties de session, généralement à Paris.
De nombreuses activités de l'Assemblée ont lieu au niveau des commissions. Les membres peuvent être soit titulaires, soit remplaçants dans les commissions, mais ne peuvent pas être titulaires dans plus de deux commissions (sauf pour les commissions de suivi, du Règlement et sur l'élection des juges).
La plupart des débats en Assemblée plénière ou en Commission permanente se fondent sur les rapports des commissions. Ceux-ci sont élaborés (en anglais et en français) et présentés par un rapporteur, avec l'assistance du Secrétariat.
De nombreux rapports de l'Assemblée ont un grand retentissement dans les médias, suscitent des réactions directes de la part des gouvernements et engendrent des changements politiques (comme le rapport sur les allégations de détentions secrètes dans des Etats membres du Conseil de l'Europe, préparé par le Sénateur suisse Dick Marty). L'adoption d'un texte par l'Assemblée ne constitue pas la fin du processus. Depuis la réforme de l'Assemblée en 2011, le rapporteur et la commission concernée sont chargés de vérifier la mise en œuvre des mesures qui y sont proposées pendant les 12 mois suivant l'adoption du texte.
En outre, les commissions peuvent désigner des rapporteurs généraux pour couvrir un domaine ou sujet particulier, afin de promouvoir les décisions de l'Assemblée en la matière.
Tout membre de l'Assemblée qui estime qu'une question mérite d'être examinée et discutée par l'Assemblée rédige une brève proposition de résolution ou de recommandation qui présente le sujet. Si la condition des signatures de vingt membres de l'Assemblée de cinq délégations nationales différentes est remplie, le Comité des Présidents et le Bureau examinent si la question mérite d'être approfondie par une commission. S'ils sont d'accord, la commission pertinente est chargée d'examiner la question en désignant un rapporteur chargé de préparer un rapport.
Le projet de rapport, assorti d'un projet de résolution et/ou d'un projet de recommandation, est ensuite soumis au vote de la commission avant d'être communiqué à l'Assemblée réunie en plénière ou à la Commission permanente pour débat. A l'issue du débat, des amendements au projet de résolution ou de recommandation peuvent être examinés.
Dès que la résolution ou la recommandation est adoptée, le rapporteur et la commission pertinente sont chargés d'assurer, pendant les douze mois suivants, le suivi des mesures qui y sont proposées.
Commission des questions politiques et de la démocratie
Sous-commission sur le Proche-Orient et le monde arabe
Sous-commission des relations extérieures
Sous-commission sur la démocratie
Commission des questions juridiques et des droits de l'homme
Sous-commission des droits de l'homme
Sous-commission sur l'intelligence artificielle et les droits de l'homme
Sous-commission sur la mise en œuvre des arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme
Commission des questions sociales, de la santé et du développement durable
Sous-commission sur la Charte sociale européenne
Sous-commission sur les enfants
Sous-commission de la santé publique et du développement durable
Sous-commission du Prix de l'Europe
Commission des migrations, des réfugiés et des personnes déplacées
Sous-commission sur les enfants et les jeunes réfugiés et migrants
Sous-commission sur les diasporas et l'intégration
Sous-commission sur le trafic de migrants et la traite des êtres humains
Commission de la culture, de la science, de l'éducation et des médias
Sous-commission de la culture, de la diversité et du patrimoine
Sous-commission de l'éducation, de la jeunesse et du sport
Sous-commission des médias et de la société de l'information
Commission sur l'égalité et la non-discrimination
Sous-commission sur l'égalité de genre
Sous-commission sur les droits des minorités
Sous-commission sur le handicap et la discrimination multiple et intersectionnelle
Sous-commission sur les conflits entre les Etats membres du Conseil de l'Europe
Commission du Règlement, des immunités et des affaires institutionnelles
Commission sur l'élection des juges à la Cour européenne des droits de l'homme