Bien que les commissions s'occupent principalement d'élaborer des rapports, elles ont une grande liberté pour examiner toute question entrant dans leur domaine de compétence lorsqu'elles en décident ainsi. Elles organisent sur des thèmes particuliers des auditions, des colloques ou des conférences dont les résultats servent ensuite à rédiger les rapports soumis à l'Assemblée.
Les sessions de l'Assemblée parlementaire sont divisées en quatre parties de sessions, chacune durant environ une semaine; elles sont organisées fin janvier, en avril, fin juin et début octobre.
Les sièges dans l'hémicycle sont organisés par groupes politiques.
Selon le Statut du Conseil de l'Europe, les langues officielles de l'Organisation sont l'anglais et le français. Cependant, l'Assemblée assure l'interprétation en allemand et en italien en tant que langues de travail additionnelles.
Le Service de la séance a pour mission de conseiller le Président et les membres de l'Assemblée, la Secrétaire générale de l'Assemblée, les secrétaires des délégations et des groupes politiques sur la meilleure façon d'atteindre leurs objectifs dans le respect du Règlement; il est le gardien de ce même Règlement.
Les débats de l'Assemblée en séance plénière sont publics tandis que les réunions de commission ne le sont pas. Les débats sont conduits selon les procédures communes au sein des parlements nationaux.
Seuls les membres dûment désignés par la délégation nationale et qui ont signé le registre de présence d'une séance sont habilités à voter durant cette séance. L'Assemblée vote normalement en utilisant le système de vote électronique.
La majorité des deux tiers est requise, entre autres, pour l'adoption d'un projet de recommandation ou d'avis au Comité des Ministres, ou l'adoption de la procédure d'urgence. Pour un projet de résolution, la majorité des suffrages exprimés est requise.
Règlement de l'Assemblée (décembre 2025), Version officielle (PDF)
Statut du Conseil de l'Europe commenté (avril 2022)
Manuels pour les parlementaires : anglais, français, allemand, italien
Code de conduite des membres de l'Assemblée parlementaire : voir l'annexe II du Règlement
Si l'élection de son Président et ses vice-présidents fait partie des prérogatives normales de l'Assemblée, celle-ci procède également à une série d'autres scrutins, caractéristique qui renforce son rôle d'organe parlementaire du Conseil de l'Europe.
L'Assemblée élit le Secrétaire Général du Conseil de l'Europe, le Secrétaire Général adjoint du Conseil de l'Europe et le Secrétaire Général de l'Assemblée. Tous les trois sont élus à bulletin secret pour un mandat de cinq ans.
Les juges à la Cour européenne des droits de l'homme et le Commissaire aux droits de l'homme du Conseil de l'Europe sont également élus par l'Assemblée.
Les membres du Comité européen pour la prévention de la torture et des peines ou traitements inhumains ou dégradants (CPT) sont élus par le Comité des Ministres du Conseil de l'Europe sur une liste de trois noms dressée par le Bureau de l'Assemblée.